Pěstební nádoby Microbox disponují čtyřmi typy různých filtrů.

Filtry L: bílé filtry s průměrnou výměnou plynů kolem 8-10 GE/den

Filtry XL: žluté filtry s průměrnou výměnou plynů kolem 13-15 GE/den

Filtry XXL: červené filtry s průměrnou výměnou plynů kolem 15-18 GE/den

Filtry XXL+: zelené filtry s průměrnou výměnou plynů kolem 80-90 GE/den

Toto barevné označení platí pro Microboxy typu K300, K565, K870, K1000 a O540.

Pro typy pěstebních nádob O750, O1200, O1600, O2100 a další Microboxy s větším objemem se používají standardně dva druhy filtrů:

Filtry XXL: bílé filtry s průměrnou výměnou plynů kolem 15-18 GE/den

Filtry XXL+: zelené filtry s průměrnou výměnou plynů kolem 80-90 GE/den

Oproti nádobám s menší objemem je u filtru XXL použitá bílá barva filtru.